E terület a XI. sz.-tól királyi birtok, amelynek központja a Bodrog átkelõhelyénél épült Patak. A korábban Patak nevéhez kötött erõdítések nem ezen a helyen álltak. Perényi Péter építi fel itt családja új székhelyét 1534 és 1541 között, miként levelei bizonyítják. A középkori város központjának D-i felét vették körül fallal és árokkal. Ennek DK-i szegletén rezidenciául hatalmas torzult négyzet alaprajzú ötszintes lakótornyot emeltek. A városfalnak a torony falába bekötött csatlakozásai és a lõrések tanúsítják, hogy a torony a városfallal egy idõben és összehangolva épült.A váregyüttest az észak-itáliai Alessandro Vedani terveivel, irányításával késõ reneszánsz stílusban magyar mesteremberek készítették. A román, gótikus faragványtöredékek a korábbi domonkos kolostor és a közeli várkastély maradványai.
    1540 és 1567 között épült a keleti, a Perényi-szárny. 1567 után a Királyi Kamara, 1573-tól a Dobó család tagjai, 1608-tól Lorántffy Mihály uralták és építették tovább a várat. 1616 fordulópont Lorántffy Zsuzsanna, a tulajdonos házasságot köt I. Rákóczi György késõbbi erdélyi fejedelemmel. Így Patak lett a Rákóczi birtok fejedelmi központja és összekötõ híd a Királyi Magyarország és Erdély között.
    1640-tõl rangjukhoz méltóan bõvítették a várat: erõdítették és felépült a D-i, a Lorántffy-szárny, a loggia, az ágyúterasz. 1660-tól I. Rákóczi Ferenc és anyja Báthory Zsófia, 1676-tól II. Rákóczi Ferenc és Julianna a birtokosai a várnak, amelyet azonban 1670-tõl császári katonaság tartott megszállva. Ennek ellenére Patak a kuruc mozgalmak központja, hiszen Zrínyi Ilona második férjével, Thököly Imrével többször idõzött a várban, 1697-ben pedig a város egyik központja a hegyaljai felkelésnek. A Rákóczi szabadságharc idején (az 1702-ben megrongált Vörös-toronyban) 1708-ban tartották a jobbágyfelszabadító országgyûlést.
    A szabadságharc után 1711-ben a Rákóczi vagyonból a Trautsohn herceg kapta meg, aki a tûzvész által többször sújtott várat barokk ízlésben újíttatta meg. 1776 és 1807 között kamarai birtok, azután a Bretzenheim hercegi család kezébe került, akik rezidenciául felújították: ekkor nyerte el a várkastély a romantikus és eklektikus ízlésû külsõ és udvari homlokzatait, megõrizve azonban a XVI-XVII. sz.-i reneszánsz jellegét.
    1875-tõl a Windischgrätz hercegek, 1945-tõl a magyar állam tulajdona. A Múzeum 1950 óta gondozza a Rákóczi örökséget.